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El programa desarrolla una LGAC denominada Gestión de sistemas de Salud. Esta línea responde a dos hipótesis de trabajo, por un lado propone a los sistemas microregionales, municipales o locales como una vía de universalización de los servicios y el fortalecimiento del estado de salud de la población; por otro lado, propone la calidad de la atención en unidades de atención médica (primer y segundo nivel), como mecanismo para el fortalecimiento de la atención integral a la salud individual y colectiva. Para la primera hipótesis de trabajo se estudian las políticas públicas globales y locales, se busca el desarrollo del concepto de la salud en todas las políticas, la intersectorialidad, la participación social y los determinantes sociales de la salud. Para la segunda hipótesis de trabajo el énfasis está en la mejora de la calidad de la atención y el estudio de los problemas de gestión de recursos para la producción de servicios de salud.